مهمترین جانوران خاک را که تا حدودی در تشکیل، تکامل و تحول خاک مؤثرند.
کرمهای خاکی ، حلزون ها، نماتدها، سوسک ها و آبدوزک ها، مورچه ها و حشرات مختلف و امثال آنها تشکیل می دهند . گروهی از آنها، آفت گیاهان و حیوانات بوده و برخی نیز مانند کرمهای خاکی و حلزون ها اهمیت زراعی دارند.
تعداد آنها مانند میکروفلورا، در لایه های یک پروفیل و خاک های دارای تیپ و نوع مختلف متغیر است. خاک های محتوی مواد آلی و بقایای گیاهی فراوان برای زندگی ماکروارگانیسم ها محیط مناسبی به شمار می آیند فعالیت میکروارگانیسم های زمین، با اعمال تحرکی ، نقل و انتقال مواد و ایجاد فضاها و کانال های طویل و خالی به قطرهای مختلف، به ظهوری می رسد.
دیواره های درونی این فضاها، با ترشحات و مواد دفع شده ماکروارگانیسمی آغشته شده و با وجود سایر شرایط مناسب (تهویه و نفوذ آب و هوا)محیط زندگی ایده آلی برای میکروبها محسوب می شوند .
کرم های خاکی اجزاء خاک را تغذیه و پس از گذراندن از لوله گوارشی آنها را مجدداً به خاک تحویل می دهند. مواد مزبور یک نوع کمپلکس آلی – معدنی هستند که روی حاصلخیزی خاک تأثیر مثبت می گذراند و برای تمایز پروتئینها و تشخیص تیپ خاک های هوموس دار نیز کلید مؤثری به شمار می روند .
همین طور در خاک های که آثار فعالیتی کرم خاکی مشاهده می شود، وجود هوموس های بار ارزش حتمی است. مخصوصاً خاک های سیاه، قسمتی از وضع مناسب بیوشیمیایی و فیزیکی خود را مدیون وجود کرمهای خاکی است.
فعالیت حلزونها بیشتر به سطوح خاکها محدود بوده و جویدن و خرد کردن بقایای ظریف گیاهی مانند شاخه های جوان و برگها از وظایف آنهاست. تجزیه مکانیکی مواد آلی ضمن افزایش سطوح تأثیر(تأثیر میکروبی – فیزیکی - شیمیایی)، با اختلالات اجزاء معدنی و آلی توأم است .
رابطه عملیات زراعی انسان ها و فعالیت بیولوژیکی خاکها:
اجرای عملیات متنوع زراعی بر روی خاک ، با ایجاد تغییرات شدید در شرایط محیطی ارگانیسم های خاک همراه بوده و هر تغییری در مسیر بهره برداری زراعی از خاک، موجب به هم خوردن تعادل کمی و کیفی موجودات زنده خاک می شود.
مثلاً تبدیل جنگل به موقع زمین های زراعی، همیشه با کم شدن ارگانیسم های تجزیه کننده لینگین چوب و نیز کاهش تعداد موجودات پرتوقع برای تهویه خاک و حرارت مواجه است .
عملیات های زیر، موجب تشدید فعالیت های بیولوژیکی می شوند :
1) شخم و تسطیح در عمق، زمان و تکرار مناسب
2) فراهم نمودن شرایط مطلوب نفوذ هوا و آب
3) ایجاد کوشش در نگهداری حرارت متعادل (20 درجه سانتی گراد )
4) بر اساس PH طبیعی موجود در انواع تیپ خاک، کوشش در رسیدن به واکنش مطلوب (در خاک های قلیایی رسیدن به واکنش 7 تا 5/7 توسط عملیات و روشهای ویژه در خاک های اسیدی بااضافه کردن آهک به خاک برای نیل به واکنش 5/6 تا 7)
5) کوددهی هماهنگ و حساب شده با کودهای آلی و کودهای شیمیایی مناسب برای هر نوع و تیپ خاک به منظور اثبات عینی به جدول توجه شود .
6) اجتناب از آیش گذاشتن زمین و فراهم نمودن محیط سبز دائمی با گیاهان مناسب
عملیات زیر فعالیت های بیولوژیکی را کم می کند :
1) عملیات به موقع، حساب نشده و بیش از نیاز شخم و تسطیح
2) مدیریت غلط در آبیاری و تهویه خاک مانند مصرف زیادی آب و امکان دادن به توقف طولانی آب در مزرعه و همچنین خشک نگهداشتن خاک برای مدت طولانی
3) اجرای تناوب گیاهی نامناسب و یا ایجاد سیستم تک کاشتی همزمان متروک گذاشتن مزرعه پس از برداشت محصول
4) نگهداشتن خاک در کمبود مواد غذایی معدنی و آلی در خاک های اسیدی، سهل انگاری در آهک دهی ، و در خاک های آهکی مناطق خشک و نیمه خشک مانند اکثر خاک های بیابانی
تجزیه مواد آلی مختلف توسط میکروارگانیسمهای خاک :
بقایای گیاهی ، مدفوعات و اجساد جانوران از ترکیبات شیمیایی مختلفی تشکیل یافته اند که به گروه های مخصوصی تقسیم بندی می شوند. با افزایش عمر گیاه مواد سخت تجزیه شونده از قبیل سلولز و چوب دائماً افزایش یافته و سایر مواد کمتر می شوند .
در مقایسه با هوموس دائمی که به مواد نسبتاً آسانتر مورد تجزیه قرار می گیرند .
میکروارگانیسم هایی که در تجزیه پس مانده های گیاهی و جانوری دخالت دارند میکروفلورسیوژن نامیده می شوند و اختلاف آنها با میکروفلوراتوکتون از نظر دخالت آنها در تغییر و تبدیل مواد هوموسی است تعداد میکروارگانیسم های سیموژن بر حسب وجود مقدار مواد آلی قابل تجزیه و میزان ترکیبات حاصل از تجزیه آنها نوسانات زیادی را نشان می دهد .
مواد محلول در آب مثل قندها، اسیدهای آلی و اسیدهای آمینه توسط اغلب میکروارگانیسم ها مورد استفاده قرار می گیرند و تحت شرایط هوازی، CO2 و آمونیاک نیز توسط فلور موجود در آب به مورد استفاده میکروارگانیسم ها تجزیه می شود.